Kościół św. Jana Chrzciciela
Nie wiemy, kiedy powstała w tym miejscu pierwsza świątynia. Na pewno jednak, jeżeli nie było tu jej wcześniej, to powstała w czasie lokacji miasta, czyli w połowie XIII wieku. Nie znany jednak, ani jej wyglądu, ani wyposażenia, choć wiemy, że została wybudowana na niewielkim wzniesieniu nad brzegiem Wisły. Dopiero na przełomie XV i XVI wieku rozpoczęto budowę świątyni obecnej, na miejscu wcześniej istniejącej. Powstała z cegły w stylu gotyckim. A około roku 1538 świątynia była już na tyle ukształtowana, że została konsekrowana, czyli przeznaczona do użytku liturgicznego.
Poświęcona budowla była nieco mniejsza. Z czasem została powiększona przez wydłużenie nawy głównej. Zarówno od strony wejścia, gdyż w roku 1580 powstała wieża i znajdująca się pod nią kruchta, jak i od strony prezbiterium - które powstało w roku 1622. Do świątyni dobudowano też dwie kaplice po obu jej stronach. Pierwszą z nich - północna - powstała w roku 1565. Druga fundowana przez archidiakona włocławskiego Sebastiana Grotkowskiego, wybudowano w roku 1635. W roku 1780 powstała mała wieżyczka na środku dachu świątyni, a wieża otrzymała dzisiejszy wygląd.
Świątynia była też wielokrotnie zalewana wodami Wisły, dla zapobieżenia na przyszłość takiej sytuacji w pierwszej połowie wieku XIX powstały nadbrzeżne bulwary, które odsunęły nieco świątynię od brzegu rzeki.
Parafia farna
Kościół wokół którego koncentrowało się życie religijne, otrzymał wezwanie św. Jana Chrzciciela. Jak to już wcześniej zauważono, w okresie lokowania miasta, działalność duszpasterska prowadzili w mieście i okolicy benedyktyni. Zapewne, początkowo to oni sami prowadzili parafię, a później, gdy księża diecezjalni podjęli pracę, mnisi posiadali tylko prawo patronatu nad tym kościołem. Na pewnym etapie, zapewne biskupi włocławscy, nie najlepiej patrzyli na fakt, że w ich biskupim mieście, nie mają wpływu na obsadę kościoła parafialnego i oni też zawarli układ z benedyktynami, na mocy której przejęli prawo obsadzania parafii.
Nie wiadomo, kiedy dokładnie przekazano opiekę nad parafią kolegium wikariuszy katedralnych, niewątpliwie jednak w roku 1461 sprawowali już posługę duszpasterską. Co zostało potwierdzone przez papieża Innocentego VIII w roku 1490. Początkowo, co roku kolejny z nich, sprawował urząd proboszcza. Ponieważ jednak taka forma pracy, nie przynosiła dobrych rezultatów, dlatego też od roku 1593, decyzją biskupa Hieronima Rozrażewskiego, proboszcz był mianowany już na stałe. Natomiast wspólnota wikariuszy katedralnych - kolegialnie - miała prawo prezentacji na ten urząd swojego kandydata. Taki stan rzeczy przetrwał do roku 1818, gdy na skutek ustaleń Kongresu Wiedeńskiego, upadło wiele dotychczasowych instytucji w Kościele.
Lokacja miast i nazwanie świątyni farą, określało granice parafii. Miał to być kościół w którym z posługi duszpasterskiej, będą korzystali przede wszystkim mieszkańcy miasta Włocławka i przyległych wiosek. Tu więc mieli przyjmować poszczególne sakramenty, słuchać słowa Bożego i pogłębiać swoje życie religijne, funkcjonując w ramach bractw i cechów.
Obecny wygląd świątyni
Pielgrzym lub turysta przybywający obecnie do świątyni, chciałby zapewne dowiedzieć się, nieco o dzisiejszym jej wyglądzie. Wyposażenie wnętrza obecnie jest w zasadzie barokowe. Polichromia nawy głównej i przedsionka powstała w roku 1951, wykonana przez Helenę i Lecha Grześkiewiczów. Natomiast w latach 1976-78 zostało przebudowane prezbiterium i ci sami artyści, w latach osiemdziesiątych odnowili polichromię. Treścią malowideł są przede wszystkim sceny biblijne.
Wnętrze świątyni nakryte jest sklepieniem sieciowym, o bogatym rysunku zbliżonym do gwiaździstego w nawie, analogiczne z kolistym otokiem nad organami, a w apsydzie sklepienie hemisferyczne z lunetami, w zakrystii kolebkowo-krzyżowe.
Centrum kościoła jest zawsze wielki ołtarz. Pierwotnie w nim znajdowały się dwa obrazy św. Jana Chrzciciela. Pierwszy przedstawiający go w czasie chrzest Pana Jezusa w Jordanie i drugi ukazujący jego ścięcie. Sam ołtarz powstał w pierwszej połowie XVIII wieku, został usytuowany na wschodniej ścianie (orientowany). Wykonany w stylu późnobarokowym z pilastrami i parami kolumn. U góry zwieńczony glorią w której znajduje się postać Boga Ojca. Na bokach znajduje się podwieszona kotara wraz z figurami czterech aniołów. W centrum ołtarza, obecnie znajduje się - obraz Matki Bożej Częstochowskiej w srebrnej sukience - pędzla Bolesława Rutkowskiego. Na zasuwie zaś znajduje się współczesny obraz pędzla Romana Galińskiego, przedstawiający św. Jana Chrzciciela patrona parafii. Warto jednak zwrócić uwagę, że obraz Matki Bożej znalazł się w głównym w dniu 15 sierpnia 1921 roku. Było to wotum mieszkańców miasta za ocalenie Włocławka od najazdu bolszewickiego w roku 1920. Na ołtarzu znajduje się tabernakulum w którym przechowuje się Najświętszy Sakrament. Prezbiterium uzupełnia ołtarz soborowy (twarzą do wiernych), ambonka do głoszenia słowa Bożego i miejsce przewodniczenia. Ponadto znajduje się tu barokowa chrzcielnica z 2 połowy XVII wieku. Polichromia na suficie absydy przedstawia „Ukoronowanie Najświętszej Marii Panny”. Na północnej ścianie, między prezbiterium, a ołtarzem bocznym, umieszczono rokokową ambonę z 3 ćwierci XVIII w., zwieńczona bogato ozdobionym baldachimem.
Obok ambony - ołtarz boczny w którym na centralnym miejscu znajduje się obraz z końca XVIII w., przedstawiający „Zdjęcie z Pana Jezusa z Krzyża”, a nad nim obraz św. Barbary prawdopodobnie fundowany w roku 1760.
Obok, północna kaplica, przez wieki różnie nazywana. Najpierw była to kaplica Jedenastu Tysięcy Dziewic, później Pięciu Ran Pana Jezusa, a obecnie św. Zyty. Określenia pochodziły od nazwy ołtarza, który się w niej znajdował. Jej fundatorem był ks. Bartłomiej Wisikicki, psałterzysta katedralny. Wielkim jej dobrodziejem był Wojciech Katenberg zwany Kokoszką, burmistrz Włocławka, który w 1565 zapisał znaczne fundusze na utrzymanie kapelana przy tej kaplicy. Jej budowniczym był Jan Baptysta Wenecjanin, a poświęcona została w 1565 przez sufragana włocławskiego bp Adama Miarkowskiego. W tej kaplicy gromadziło się bractwo filadelficzne, erygowane przez papieża Benedykta XIV w 1741, staraniem kanonika Kaspra Sokołowskiego. Obecnie w centrum kaplicy znajduje się obraz św. Zyty. Na ścianie, odkryto fragmenty pierwotnej polichromii.
Przechodząc na stronę przeciwną, wchodzimy do kaplicy południowej. Pierwotnie istniała pod wezwaniem Aniołów Stróżów, później poświecono ją Matce Bożej. Powstała z fundacji archidiakona kapituły włocławskiej Sebastiana Grotkowskiego. Kaplica najpierw opiekował się cech krawców, a gdy w 1650 erygowano bractwo Aniołów Stróżów, opiekowało się nią i to bractwo. Pierwotnie był w kaplicy również ołtarz poświecony św. Barbarze i św. Klemensowi. Ołtarz ten powstał z fundacji mieszczanina Tomasza Wołka w roku 1653. Opiekował się nim cech rybaków. Obecnie jedyny ołtarz w tej kaplicy poświęcony jest Najświętszej Marii Pannie. W centrum obraz „Wniebowzięcia NMP” w srebrnej sukience. W kaplicy znajdują się też współczesne obrazy: „Matki Bożej Szkaplerznej” pędzla Jana Stępnia, a ponadto „Jezusa Miłosiernego” i błogosławionego biskupa Michała Kozala patrona miasta.
Obok ołtarz św. Mikołaja, z obrazem tegoż świętego ze srebrną sukienką w centrum. Poświęcony przez bp Hieronima Rozdrażewskiego.
Wracając do wyjścia, warto sobie uświadomić, że sama wieża wraz z kruchta pod nią istniejącą, powstała około roku 1580, przebudowana i podwyższona w 1768 przez ks. Wojciecha Wierszuckiego, wtedy też otrzymała obecny barokowy hełm.
Otoczenie świątyni
Pierwotnie jak zauważono, świątynia od północy znajdowała się na nabrzeżu wiślanym, a od południa otoczona była cmentarzem grzebalnym.
Dziś wychodząc na zewnątrz świątyni, warto zauważyć od strony północnej, tablicę upamiętniająca Tadeusza Kościuszkę. Natomiast na absydzie znajdują się cegły w wyrytymi datami wskazującymi lata w których stan Wisły powodował zatopienie świątyni. Obok figura św. Józefa patrona Kościoła Powszechnego i Diecezji Włocławskiej.
Przed południową ściana prezbiterium znajduje się figura Matki Bożej ufundowana po drugiej wojnie światowej, jako podziękowanie włocławian za przetrwanie drugiej wojny światowej. Na nim inskrypcja „Matce Najmilszej wdzięczni Włocławianie”. Rzeźba wykonana w piaskowcu, dłuta Karola Hukana.
Na południowej ścianie, kaplicy Matki Bożej, w zamurowanym oknie umieszczono mozaikę przedstawiającą Matkę Bożą Częstochowska, jest to stylizacja wykonana przez Lecha i Piotra Grześkiewiczów na wzór mozaiki raweńskiej.
